O Centro de Investigação Media e Jornalismo tem como principais objetivos desenvolver a investigação científica e promover o debate sobre as grandes temáticas relacionadas com os media, o jornalismo e a sociedade. O CIMJ tem neste momento três linhas de investigação, nas quais se integra todo o trabalho produzido pelo centro, a saber:
História dos media e do jornalismo – Coordenada por Ana Cabrera
Media, Jornalismo e Democracia – Coordenada por Francisco Rui Cádima
Novas Tecnologias e usos sociais – Coordenada por Isabel Ferin